La misión del Instituto Jesús Niño se podrá evidenciar en el principal mandato educativo de Monseñor JORGE KEMERER, quien sostenía que: “En un mundo extremadamente móvil, cambiante y muchas veces confuso, se produce en el hombre miedo, parálisis y un cierto rechazo en el hacer que lo aferra a lo fácil o a lo conocido aunque sea efímero.
El Montoya (Instituto Jesús Niño) eligió la esperanza contra la desesperación, lo difícil y lo desconocido en búsqueda de nuevos y firmes caminos en el campo de la Educación en todos los niveles de formación escolar. La esperanza que elegimos la captamos desde un principio como una larga prueba de paciencia, servicio y fe.”

• El Instituto Jesús Niño al ser católico, inspira su acción educativa en una concepción cristiana del hombre, de la vida y del mundo y se propone ofrecer a todos los alumnos, sin discriminación, una propuesta educativa basada en los valores evangélicos, además de potenciar una educación integral, no sólo transmisora de conocimientos científicos desvinculados de su formación como personas.
• Promueve su funcionamiento institucional destacándose por colaborar en la misión evangelizadora promulgada por Monseñor Jorge Kemerer; permaneciendo arraigada a las costumbres del propio ambiente – socio cultural que la rodea, es creadora de relaciones de unidad, justicia, libertad, paz, servicio, y confianza a fin de que se instale una auténtica fraternidad entre sus miembros.
• Sustenta la propuesta de Formación Integral basada en la concepción de hombre entendido como Persona, como autor y sujeto de la historia y de su propia educación; percibiéndolo como un ser comunitario que busca el diálogo y el encuentro y que se realiza en el amor y el respeto hacia los demás.