El Centro de Investigaciones Históricas fue creado el 10 de noviembre de 1975 por Resolución 121/75, con el objetivo fundamental de colaborar con la tarea educativa, acercando a docentes y alumnos los resultados de sus investigaciones, para una mejor enseñanza-aprendizaje de la historia en la región.
El Prof. Mario Oscar Guerra, que impulsó su creación, fue su primer director. A partir de 1976 se incorporaron como auxiliares de investigación la Prof. Alba Celina Etorena para la preparación de una Historia de la Iglesia Católica en Misiones y el Prof. Luis Carlos Antonio Ortíz para trabajar en la edición del primer tomo de la Crónica de los Gobernantes de Misiones. En calidad de alumnos avanzados colaboraron con el centro Miguel Arcángel Rodríguez (1977- 1979), Dalmiro Roberto Adaro, (1980) y Héctor Smañotto (1981).
En abril de 1979 se incorporó la Prof. María Angélica Amable. Posteriormente lo hizo también la Prof. Ana María Quaranta de Errecaborde a cargo de la elaboración de una "Historia de la provincialización de Misiones" (1979-1983).
Desde 1982, por ausencia del Director Prof. Mario Oscar Guerra, las tareas del centro las coordinó, en la práctica, la Prof. María Angélica Amable. Entre 1985 y 1991 el Centro dependió del Departamento de Historia, incorporándose (1985) la Profesora Liliana Mirta Rojas.
El 13 de septiembre de 1991, por Resolución 252/91 se reestructuraron los centros de investigación, aplicación y difusión del ISPARM, reformulándose los objetivos, y estableciendo distintas categorías de miembros. La Prof. María Angélica Amable fue designada como Coordinadora de Centro. Como profesoras investigadoras se incorporaron las Profesoras Graciela Luisa Camblong (1991-1997) y Karina Dohmann (1991- 2008/ 2012), sumándose a la Prof. Liliana Mirta Rojas, que ya venía desempeñándose en el mismo cargo.
Para proyectos específicos colaboró temporariamente la profesora de geografía Analía Margalot (1993-1994).
En 1996 se organiza la Dirección de Investigación y Perfeccionamiento del ISPARM y el Centro de Investigaciones Históricas pasa a depender de la misma.
En 2008 la coordinadora Dra. María Angélica Amable es designada Rectora del ISARM, por lo que se nombra para reemplazarla a la Lic. Liliana Mirta Rojas y se incorpora la Lic. María Melgarejo. Ese año colaboran con las tareas del Centro el prof. Alfredo Tufró y el alumno pasante Cristian Neris.
Durante el año 2009 se desempeña el Prof. Silvio Ledesma y durante 2010 el Prof. Cristian Neris.
En septiembre de 2011, la coordinadora del Centro, María A. Amable se jubila, por lo que es designada Coordinadora, a partir de 2012, la Lic. Liliana M. Rojas., quien ejerce el cargo hasta abril de 2016, fecha en que es designada para ocupar el cargo de Directora de Promoción, Investigación y Desarrollo del ISARM.
A principios de 2014 se incorpora el Lic. Oscar H. Melgarejo.
En el 2016 se incorpora la Profesora Verónica Patricia Garcette.
Especialistas que cumplieron tareas en el centro:
En 1976 se contrató al Sr. Gustavo Maggi para el proyecto de "Arqueología de la Misiones Jesuíticas".
En septiembre de 1980 se firmó un convenio con el investigador Antonio Monzón, encargándole la selección de documentación importante para historia de Misiones en los archivos de Buenos Aires y Corrientes, y el fotocopiado de la misma con el objeto de formar el reservorio de documentación del Centro de Investigaciones Históricas.
Miembros actuales:
Reconocimiento a miembros del Centro de Investigaciones Históricas:
En el marco del Bicentenario de la Patria el viernes 21 de mayo de 2010 a las 18,30 horas, en el Hotel Continental de la ciudad capital, el Ministerio de Desarrollo Social-Subsecretaría de la Mujer y Familia del Gobierno de la Provincia, realizó un reconocimiento a siete historiadores de la provincia por su contribución al conocimiento histórico, tres de ellos fallecidos. Entre los los homenajeados estaban el Prof. Mario Oscar Guerra, (fallecido), fundador del Centro de Investigaciones Históricas Guillermo Furlong, y las profesoras Graciela Luisa Camblong, María Angélica Amable y Liliana Mirta Rojas, miembros de este centro.